花粉症とは長い間毎年花粉にさらされていると、人のからだの中で花粉を異物として排除しようという反応が起きてきます。花粉（抗原）に対して過敏になった人体が、花粉を排除するために抗体という物質を作り出します。このとき花粉《抗原》が体につくと人のからだの抗体と花粉《抗原》が反応を起こします。これを抗原抗体反応といいます。ひとたび抗原抗体反応が起きるとアレルギー細胞を介して、ヒスタミンなどの化学物質を放出し、これがくしゃみ、鼻水、鼻閉を起こします。花粉症とは花粉に対するアレルギー反応で鼻炎や結膜炎を起こした状態を言います。

鼻や眼の粘膜に付着した花粉からアレルギーの原因となるアレルゲン（抗原）が溶け出し、粘膜に侵入します。

体の中にはリンパ球という細胞があります。アレルゲンを認識したリンパ球はIgE抗体をつくり出します。IgE抗体は肥満細胞に付着してアレルギーの準備状態にはいります。これを感作（かんさ）といいます。感作された肥満細胞にアレルゲン（つまり花粉)が結合すると、肥満細胞からヒスタミンやロイコトリエンなどの化学伝達物質が放出され、この物質が血管や神経を刺激することでアレルギー症状（くしゃみ、鼻水、目のかゆみなど）が起こります